La frazione, insieme all’adiacente Macchie, forma due nuclei di abitazioni montane di origine plurisecolare, centri importanti di contadini e taglialegna, che popolavano un’ampia vallata ai piedi del versante nord del Monte Labbro, sulle rive del fiume omonimo. Durante il periodo etrusco, la frazione era l’ultimo centro abitato al confine orientale del territorio sotto il dominio della città di Roselle. Sono infatti stati rinvenuti a Zancona reperti risalenti al IV secolo A.C. e una necropoli de II-II secolo A.C., ovvero un sepolcro a incinerazione caratterizzato dalla presenza di urne di arenaria e vasi cinerari su cui sono scritti i nomi dei defunti in etrusco.
Da sempre semplice appendice e villaggio alle dipendenze di Arcidosso, nell’Ottocento Zancona fu poi teatro dell’avventura mistica e sociale di David Lazzaretti, il profeta dell’Amiata, che dette origine alla comunità religiosa giurisdavidica. Il profeta trascorreva il suo tempo tra la gente di Zancona e Macchie, raccogliendo in questi luoghi numerosi adepti e discepoli. La quasi totalità dei sacerdoti giurisdavidici che seguirono al Lazzaretti, fino all’ultimo di essi, Turpino Chiappini (1925-2002), provenivano da Zancona: qui si trova infatti conservato l’archivio dei seguaci.